มีสภาพภูมิประเทศเป็นภูเขาและเป็นที่ราบทุ่งนา พื้นที่ลาดเชิงเขา และลาดเอียงจากภูเขาน้ำน้อยไปจดทะเลสาบ ตามแนวคลองน้ำน้อย และคลองวง ดินมีลักษณะเป็นดินลูกรังบริเวณภูเขาและดินปนทรายบริเวณที่ราบลุ่ม มีคลองที่สำคัญ จำนวน 6 สาย คลองพะวง คลองน้ำน้อย คลองกำนัน คลองใหญ่ คลองขุด คลองพานหาน

ชุมชนน้ำน้อยตั้งอยู่ในเขตอิทธิพลของลมมรสุมเมืองร้อน มีลมมรสุมพัดผ่านทุกปี คือ มรสุมตะวันออกเฉียงเหนือ เริ่มตั้งแต่กลางเดือนตุลาคม ถึงกลางเดือนมกราคม และมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ เริ่มตั้งแต่กลางเดือนพฤษภาคม ถึงกลางเดือนตุลาคม จากอิทธิพลของลมมรสุมดังกล่าว ส่งผลให้มีฤดู คือ ฤดูร้อน เริ่มตั้งแต่เดือนกุมภาพันธ์ ถึงเดือนกรกฎาคม ซึ่งจะเป็นช่วงที่ว่างของสมมรสุม จะเริ่มตั้งแต่หมดมรสุมตะวันออกเฉียงเหนือ แล้วอากาศเริ่มร้อนและอากาศจะมีอุณหภูมิสูงสุดในเดือนเมษายน แต่อากาศจะไม่ร้อนนักเนื่องจากตั้งอยู่ใกล้ทะเล ส่วนฤดูฝนเริ่มตั้งแต่เดือนสิงหาคม ถึงเดือนมกราคม ซึ่งจะมีฝนทั้งในช่วงลมมรสุมตะวันออกเฉียงเหนือและสมมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ แต่ในช่วงมรสุมตะวันออกเฉียงเหนือจะมีฝนตกชุก มากกว่าเนื่องจากพัดผ่านอ่าวไทย ส่วนลมมรสุมตะวันตกเฉียงใต้จะถูกเทือกเขาบรรทัดปิดกั้นทำให้ฝนตกน้อยลง